Au titre de la période de programmation 2014-2020, la région Bourgogne-Franche-Comté est autorité de gestion de 5 programmes :
- le programme opérationnel FEDER/FSE Bourgogne 2014-2020 ;
- le programme opérationnel FEDER/FSE Franche-Comté et Massif du Jura 2014-2020 ;
- le programme de développement rural Bourgogne ;
- le programme de développement rural Franche-Comté ;
- le programme de coopération Interreg France-Suisse.
La région Bourgogne-Franche-Comté dispose de 1,49 milliards d’euros pour soutenir des projets sur le territoire régional.
